水晶主要成分是二氧化硅，属于单晶体结构，其整体的透明度和净度都较高，内部的杂质、瑕疵相对较少。而玛瑙属于多晶集合体，大多数玛瑙为半透明至不透明状，且内部一般都会有一定絮状物或其它内含物，透明度和净度都相对较差。

1、晶体结构不同

晶体结构不同是水晶和玛瑙的主要区别之一，水晶的主要成分是二氧化硅，属于单晶体结构。而玛瑙主要成分也是二氧化硅，但是它属于多晶集合体。

2、透明度不同

水晶和玛瑙都属于比较珍稀的晶体矿石，但是水晶以高透明度著称，其整体都具有较高的透明度，看起来比较通透。而玛瑙大多数为半透明至不透明，通透性相对较差。

3、内含物不同

玛瑙内部一般都会存在一定絮状物，顶级的玛瑙内部还会有少量晶莹透亮的内含物。而大部分水晶内部都没有什么杂质、瑕疵，其整体的净度都比较高。