玛瑙的种类与水晶不同，玛瑙属于玉髓类矿物，水晶属于石英类矿物。颜色也不同，玛瑙的色彩非常丰富，富有层次感，水晶的颜色较多，显得非常通透。透明度也不同，玛瑙呈半透明或不透明状态，水晶为半透明或透明状态。

1、种类

玛瑙

玛瑙属于玉髓类矿物，是混有蛋白石与隐晶质石英的纹带状块体，呈半透明或不透明状态。水晶属于石英类矿物，其主要成分为二氧化硅，因含有不同种类的微量元素而呈现多种色泽。

2、颜色

水晶

玛瑙的色彩非常丰富，且富有层次感，其颜色通常为绿色、红色、黄色、褐色以及白色等多种颜色。水晶的颜色也比较多，且显得非常通透，颜色一般以无色、紫色、黄色等为主。

3、透明度

玛瑙

玛瑙因其结构的原因，呈半透明或不透明状态，结构较为致密。而水晶为半透明或透明状态，含伴生包裹体矿物，其质地大多以无色透明为主。