碧玺的成分非常复杂，其颜色非常丰富，包含各种颜色。祖母绿的颜色主要为绿色，比较单一。另外，碧玺为硼硅酸盐晶体，祖母绿为铍铝硅酸盐晶体。还有，碧玺的质地为透明或半透明状态，祖母绿的质地为半透明或不透明状态，少数为透明状态。

1、颜色

碧玺

碧玺因为成分复杂的原因，其颜色非常丰富，包含各种颜色，具有双色性或多色性。而祖母绿的颜色比较单一，主要为绿色，按颜色可分为碧绿色祖母绿和蓝绿色祖母绿，因而碧玺的颜色比祖母绿更加丰富。

2、种类

祖母绿

碧玺为硼硅酸盐晶体，属于三方晶系，其表面为纵纹发育，断口处呈球面三角形。祖母绿为铍铝硅酸盐晶体，属于六方晶系，天然的祖母绿大多含有瑕疵裂纹，多呈棉絮状，很少有完美的祖母绿宝石。

3、透明度

碧玺

碧玺的质地为全透明或半透明状态，其质地较为通透，表面呈玻璃光泽。而祖母绿的质地为半透明或不透明状态，少数祖母绿的质地为透明状态，其抛光面呈玻璃光泽。