成分不同，水晶主要成分是二氧化硅，碧玺由硼硅酸盐组成；色调不同，水晶颜色只有深浅的区别，碧玺色调丰富；性能不同，水晶具有压电性，碧玺具有热电性和压电性；折射率不同，水晶的折射率为1.55，碧玺的折射率为1.62-1.67；硬度不同，水晶的硬度为7度，碧玺的硬度为7到8度。

1、成分不同

水晶的主要化学成分是二氧化硅，属于一种无色透明的石英石结晶体，合成的水晶饰品很多，碧玺主要是一种复杂的硼硅酸盐组成，化学成分比较复杂，目前还没有出现合成的碧玺饰品。

2、色调不同

水晶不具有多色性，每种水晶只有一种色调，颜色只有深浅之间的区别，但是紫黄晶除外，碧玺的色调非常丰富，具有多色性，每一种碧玺一般会呈现两种以上的颜色，西瓜碧玺色调非常明显。

3、性能不同

水晶具有压电性，受到压力的时候会产生电流，如果受到电压会产生很高的震动，碧玺具有热电性和压电性，在受到摩擦或日光照射时，可以吸附灰尘纸屑等物质。

4、折射率不同

水晶的折射率最大的只有1.55，折射率比较低，反射的光线不太明显，碧玺的折射率在1.62-1.67之间，折射率比水晶更高，所以碧玺的光泽比水晶更加亮丽多彩。

5、硬度不同

水晶的硬度较低，为摩氏7度，碧玺的硬度比水晶更高，为7到8度之间，如果用水晶划玻璃，玻璃上不会留下划痕，如果用碧玺划玻璃，则玻璃表面会留下较深的痕迹。